Ectoina otacza siebie, a także sąsiednie białka lub błony komórkowe warstwą wody. Struktura ta nosi nazwę „Ectoin Water Sarcophagus” co oznacza, że tworzy swoisty sarkofag ochronny. Ectoina nie wchodzi w interakcje z białkami ani nie wchodzi do komórek. Ze względu na tworzenie się warstw wody na błonach komórkowych lub lipidach, Ectoina jest w stanie ustabilizować te struktury i wspierać ich płynność. Ze względu na tę właściwość – i jest to najważniejszy czynnik, jest w stanie chronić nabłonek przed alergenami, światłem UV, zanieczyszczeniem powietrza, ciepłem lub suchością. W rezultacie stany zapalne, wywołane przez te stresowe czynniki, skóry, nosa, oczu, płuc itp., są zmniejszane.